Las proteínas corresponden a nanomáquinas naturales que cumplen múltiples funciones biológicas. Constan de cadenas aminoacídicas flexibles que adoptan conformaciones complejas; por esta razón no resulta tarea fácil la predicción de la forma, ni de la función de nuevas proteínas. Las aplicaciones de estos bis-pépticos incluyen fármacos, enzimas, sensores químicos, nanoválvulas y dispositivos de almacenamiento de memoria para ordenadores.