Contiene: apéndice, índice alfabético, láminas en color.

Incluye referencias bibliográficas al final de cada capítulo.

Capítulo 1: Introducción a la microbiología

Parte I: El papel del laboratorio de microbiología en el diagnóstico de las enfermedades infecciosas: directrices para la práctica y el tratamiento

Introducción. Esquema del libro. El mundo de las enfermedades infecciosas.

La triada de las enfermedades infecciosas. El agente infeccioso. Clases de agentes infecciosos. Interacciones entre hospederos y agentes infecciosos. Virulencia. El ambiente. El hospedero infectado. Defensa humoral innata. Defensa celular innata Tipos de inflamación. Defensa celular inmunitaria adaptativa. Defensa no celular inmunitaria adaptativa (humoral) Signos y síntomas clínicos de la infección. Efectos indirectos de los agentes infecciosos en humanos.

Fases del ciclo diagnóstico. Fase preanalítica. Recolección de muestras. Transporte de muestras Recepción de muestras y observaciones preliminares. Criterios para el rechazo de muestras. Abordajes coste-efectivos en la fase preanalítica. Fase analítica. Estudio microscópico. Procesamiento de muestras. Interpretación de cultivos. Procedimientos para la identificación preliminar de aislamientos bacterianos. Identificación de microorganismos distintos a bacterias. Pruebas de sensibilidad a antibióticos. Abordajes coste-efectivos en la fase analítica. Fase postanalitica. Informe de resultados. Interacción con epidemiólogos. Análisis de resultados. Conservación de muestras y expedientes.

Aspectos administrativos del laboratorio de microbiología. Reglamentos gubernamentales. Acreditación e inspección del laboratorio. Control de riesgos y seguridad del paciente. Seguridad del laboratorio. Normas y reglamentos generales de seguridad. Precauciones de seguridad de rutina. Agentes biológicos. Precauciones universales. Envío de muestras y agentes etiológicos. Peligros no biológicos.

Biodefensa.

Aseguramiento de calidad.

Control de calidad. Componentes de un programa de control de calidad. Supervisión del equipo del laboratorio. Supervisión de los medios de cultivo, reactivos e insumos.

Capítulo 2: Introducción a la microbiología

Parte II : Directrices para recolección, transporte, procesamiento, análisis e informe de los cultivos de fuentes específicas de muestras.

Introducción. Infecciones de vías respiratorias. Infecciones de vías respiratorias altas. Microflora endógena. Faringitis. Infecciones de cavidad bucal distintas a faringitis. Infecciones de nasofaringe y cultivos nasofaríngeos. Otitis media y sinusitis. Epiglotitis. Laringitis. Otras infecciones de vías respiratorias altas. Infecciones de vías respiratorias bajas. Traqueobronquitis. Bronquiolitis. Neumonía. Neumonía en poblaciones especiales. Recolección de muestras para el diagnóstico de infecciones de vías respiratorias bajas Diagnóstico de laboratorio de la neumonía.

Infecciones del tubo digestivo. Infecciones del tubo digestivo bajo. Síntomas clínicos. Recolección de muestras de heces. Consideraciones epidemiológicas en la evaluación de pacientes con gastroenteritis. Infecciones del tubo digestivo alto. Síntomas clínicos. Recolección de muestras del tubo digestivo alto.

Infecciones urinarias. Signos y síntomas clínicos. Factores del hospedero. Recolección de muestras de orina para cultivo. Muestras de orina de chorro medio. Otras muestras de orina de micción espontánea. Recolección a partir de sondas. Aspiración suprapúbica. Cultivo de muestras de orina. Pruebas de detección precoz de infecciones urinarias. Pruebas de detección pracoz de bacteriuria. Prueba de detección precar de piuria.

Infecciones genitales. Infecciones de transmisión sexual. Unettis y cervicitis. Infecciones genitales transmitidas por vías distintas a la sexual. Vaginitis y vaginosis. Candidosis. Vaginosis bacteriana Infecciones de los genitales íntimos femeninos. Complicaciones sistémicas de las infecciones genitales. Diagnóstico de infecciones genitales. Diagnóstico de uretritis, cervicitis y vaginitis. Diagnóstico de úlceras genitales y de verrugas venéreas. Recolección de muestras uretrales en hombres. Recolección de muestras genitales en mujeres. Recolección de muestras de úlceras genitales.

Infecciones óseas y articulares. Presentación clínica y diagnóstico.

Infecciones del sistema nervioso central. Meningitis. Encefalitis y absceso cerebral. Diagnóstico de infecciones del sistema nervioso central. Recolección de muestras. Evaluación de la respuesta inflamatoria y técnicas microscópicas. Detección directa de antígenos y ácidos nucleicos. Diagnóstico serológico Diagnóstico por cultivo.

Heridas, abscesos y celulitis infecciosa. Presentación clínica Diagnóstico de infecciones de heridas, abscesos y celulitis infecciosa Recolección de muestras. Estudio microscópico de muestras. Cultivo.

Infecciones oculares. Infecciones oculares. Presentación clínica. Conjuntivitis. Queratitis. Uveitis y endoftalmitis. Diagnóstico de infecciones oculares. Recolección de muestras. Estudio microscópico. Cultivo.

Infecciones de la sangre. Presentación clínica y patogenia. Bacteriemia y septicemia. Tipos de bacteriemia. Infección intravascular. Bacteriemia y sepsis relacionadas con catéter. Obtención de hemocultivos. Contaminación con microflora de la piel. Cantidad y oportunidad de los cultivos. Medios de cultivo. Sistemas para el procesamiento de hemocultivos. Sistemas manuales de hemocultivo. Sistema de hemocultivo por lisis y centrifugación. Sistemas de hemocultivo automatizados y computarizados. Estudios comparativos. Consideraciones especiales. Microorganismos con requerimientos nutricionales especiales y endocarditis. Cultivos de catéter intravascular. Tejidos y biopsias.

Capítulo 3: Diagnóstico de laboratorio por métodos inmunológicos.

Antígenos y anticuerpos: definiciones básicas.

Anticuerpos monoclonales.

Tipos de antígeno: reacciones de anticuerpos utilizadas en el diagnóstico serológico. Reacciones de precipitación. Fijación del complemento e inhibición de la hemaglutinación. Reacciones de aglutinación.

Métodos de inmunoanálisis en fase sólida. Enzimoinmunoanálisis para la detección de anticuerpos. Métodos de enzimoinmunoanálisis de captura de anticuerpos para la detección de IgM. Enzimoinmunoanálisis para la detección de antígenos. Inmunoanálisis de inmunoconcentración e inmunocromatográfico.

Técnicas de inmunofluorescencia. Técnicas de inmunofluorescencia para detección de antígenos. Técnicas de inmunofluorescencia para detección de anticuerpos.

Capítulo 4: Microbiología molecular.

Introducción. Ácidos nucleicos: aspectos básicos del ADN y ARN Estructura del ADN. Estructura del ARN. Función del ADN: almacenamiento de información. Función del ARN: transferencia de información. Lectura (transcripción) e interpretación (traducción) del código genético.

Métodos de amplificación de señales. Sondas de ácidos nucleicos. Aplicaciones clínicas Captura de híbridos. Aplicaciones clínicas ADN ramificado. Aplicaciones clínicas. Hibridación in situ Aplicaciones clínicas.

Amplificación de ácidos nucleicos. Aspectos básicos de la PCR. Aplicaciones clínicas. Otros métodos de amplificación de ácidos nucleicos. Aplicaciones clínicas. Modificaciones de la PCR. PCR por transcripción inversa PCR de amplio espectro. PCR múltiple. PCR con cebadores internos.

Análisis postamplificación. Métodos tradicionales de detección. Análisis de electroforesis en gel/Southern blot Detección enzimática de productos amplificados. Hibridación inversa. Aplicaciones clínicas. Secuenciación de ADN. Secuenciación tradicional de ADN. Secuenciación por síntesis (pirosecuenciación). Secuenciación de nueva generación Análisis de microarreglos.

Amplificación de ácidos nucleicos en tiempo real. Métodos para detección de productos de amplificación en tiempo real. Verde SYBR. Colorantes de unión al ADN de nueva generación. Sondas de hibridación. Aplicaciones clínicas.

Tipificación de cepas. Tipificación no basada en amplificación. Electroforesis en gel de campo pulsado. Tipificación basada en amplificación. PCR-RFLP Rep-PCR. Aplicaciones clínicas de la tipificación microbiana.

Espectrometría de masas. Conclusión.

Capítulo 5: Bacteriología médica: taxonomía, morfología, fisiología y virulencia.

Taxonomía: clasificación, nomenclatura e identificación de bacterias. Denominación de las bacterias. Identificación fenotípica de las bacterias. Criterios filogénicos para la clasificación de las bacterias.

Anatomía y fisiología bacteriana básica. Tamaño y forma bacteriana. Estructura nuclear, replicación, transcripción y traducción del ADN. Citoplasma. Membrana citoplasmática. Estructura de la pared celular bacteriana. Paredes celulares de las bacterias grampositivas. Paredes celulares de las bacterias gramnegativas. Paredes celulares de las bacterias "ácido alcohol resistentes". Endosporas bacterianas. Estructuras de la superficie bacteriana. Cápsulas. Flagelos. Otros orgánulos locomotores. Fimbrias (pili) Intercambio genético y recombinación en las bacterias. Requerimientos para el crecimiento y metabolismo bacteriano. Carbono. Dióxido de carbono. Oxígeno. Nitrógeno. Factores de crecimiento. Cinética del crecimiento celular bacteriano Metabolismo bacteriano general y generación de energía. Fermentación. Utilización de piruvato.

Factores de virulencia bacterianos y patogenia. Definiciones y conceptos. Requerimientos para la patogenia. Factores de virulencia de las bacterias. Adhesinas. Agresinas. Exotoxinas y endotoxinas. Superantígenos bacterianos.

Capítulo 6: Enterobacteriaceae.

Características para la identificación presuntiva. Características para la detección precoz. Utilización de hidratos de carbono. Actividad de la citocromo-c-oxidasa. Reducción de nitratos.

Medios de cultivo utilizados para detectar la fermentación de hidratos de carbono. Utilización de agar hierro de Kligler y agar hierro triple azúcar. Principios bioquímicos.

Selección de medios de aislamiento primario. Sustancias químicas y compuestos utilizados en medios selectivos. Medios de aislamiento selectivos. Medios de aislamiento de alta selectividad utilizados principalmente para muestras gastrointestinales. Directrices para elegir medios. Medios de enriquecimiento de aislamiento selectivos.

Características de identificación diferencial. Producción de indol Prueba de rojo de metilo. Prueba de Voges-Proskauer. Utilización de citrato. Producción de ureasa. Descarboxilación de lisina, ornitina y arginina. Producción de fenilalanina desaminasa. Producción de sulfuro de hidrógeno. Motilidad.

Taxonomía de Enterobacteriaceae. Clasificación de Enterobacteriaceae por tribus. Características clave para la identificación de las especies más frecuentes. Tribu Escherichieae. Tribu Edwardsielleae. Tribu Salmonelleae. Tribu Citrobactereae. Tribu Klebsielleae. Tribu Proteese. Tribu Yersinieae. Tribu Erwinieae. Otros géneros nuevos de Enterobacteriaceae. Caracteristicas de identificación de las Enterobacteriaceae más nuevas. Importancia cínica de las Enterobacteriaceae más nuevas.

Métodos diagnósticos para la identificación rápida. Kits comerciales para detección precoz. Medios de agar cromógeno.

Sistemas de identificación clásicos. Matriz en tablero de ajedrez. Diagramas de flujo ramificados. Esquemas computarizados.

Sistemas de codificación numérica. Lectura de códigos octales en registros de códigos numéricos. Frecuencia estimada de aparición. Cálculo de probabilidad Resolución de discrepancias.

Sistemas de identificación en kits empaquetados. Generalidades de los sistemas empaquetados. Sistemas específicos de identificación. API 20E. Sistema de identificación entérico BBL Crystal para no fermentadores. Sistema RapID onE. Biolog GNZ MicroPlate. Sistema Microscan. Sistema Sensititre.

Sistemas de identificación semiautomatizados y automatizados. MicroScan Walkaway. Sistema Vitek. Sistema de identificación automatizada de gramnegativos Sensititre. Sistema Phoenix. Sistema OmniLog ID.

Espectrofotometría de masas de tiempo de vuelo por desorción/ionización láser asistida por matriz

Capítulo 7: Bacilos gramnegativos no fermentadores.

Introducción a los bacilos gramnegativos no fermentadores.

Metabolismo oxidativo y fermentativo. Vía de Embden-Meyerhof-Parnas. Vía de Entner-Doudoroff. Vía de monofosfato de hexosa de Warburg-Dickens.

Claves iniciales de que un aislamiento desconocido es un no fermentador. Falta de evidencia de fermentación de glucosa. Reacción positiva de la citocromo-c-oxidasa. Falta de crecimiento en agar de MacConkey.

Pruebas utilizadas en la identificación de no fermentadores. Utilización de glucosa. Motilidad. Producción de pigmentos Hidrólisis de urea. Reducción de nitrato. Desnitrificación de nitratos y nitritos Producción de indol. Descarboxilación. Hidrólisis de esculina. Tinciones de flagelos. Método de Leifson. Método de Ryu. Técnica de montaje húmedo. Morfología flagelar.

Microorganismos móviles con flagelos polares. Seudomonas. Familia Pseudomonadeceae: grupo ARNrI. Género Pseudomonas. Familia Burkholderiaceae. grupo ARNr II. Género Burkholderia, grupo Pseudomalle. Géneros Ralstoniay Cupriavidus. Género Lautropia. Género Pandoraea. Familia Rhodospirillaceae. Género Inquilinus. Familia Comamonadaceae: grupo ARNr III. Grupo Acidovorans. Género Delftia. Género Comamonas.Grupo Facilis-Delafieldii. Familia Caulobacteraceae grupo ARNr IV. Género Brevundimonas. Familia Xanthomonadaceae: grupo ARNr V. Género Stenotrophomonas. Género Wohlfahrtiimonas. Familia Acetobacteraceae. Género Acetobacter. Género Acidomonas. Género Gluconobacter. Género Granulibacter.

Grupo con pigmento amarillo. Familia Pseudomonadaceae. Género Pseudomonas. Familia Sphingomonadaceae. Género Sphingomonas. Familia Oceanospirillaceae. Género Balneatrix. Familia Oxalobacteraceae Género Massilia. Especies sin nombre Grupos 0-1, 0-2 de los CDC. Agrobacterium grupo amarillo.

Grupo de bacilos curvos. Familia Caulobacteraceae. Género Caulobacter. Familia Oxalobacteraceae. Género Herbaspirillum. Familia Neisseriaceae Género Laribacter. Grupo 0-3 de los CDC.

Seudomonas halófilas o sulfuro de hidrógeno positivas. Familia Shewanellaceae. Género Shewanella. Familia Alteromonadaceae. Grupo halófilo Género Alishewanella. Familia Halomonadaceae. Género Halomonas.

Grupo con pigmento rosa. Familia Methylobacteriaceae. Género Methylobacterium. Familia Acetobacteraceae. Géneros Roseomonas y Azospirillum. Género Asala. Especies sin nombre. Grupo 2 similar a Pseudomonas Grupo 1c de los CDC. Grupo WO-1 de los CDC OFBA-1.

Microorganismos móviles con flagelos peritricos. Familia Alcaligenaceae. Género Alcaligenes. Género Achromobacter. Género Advenella. Género Bordetella. Género Kerstersia Género Oligella. Familia Rhodobacteriaceae. Géneros Pannonibacter y Achromobacter grupos A-F Familia Rhizobiaceae. Género Rhizobium (antes Agrobacterium). Familia Brucellaceae. Género Ochrobactrum.

Microorganismos inmóviles y oxidasa positivos. Familia Flavobacteriaceae. Género Chryseobacterium. Género Elizabethkingia. Género Empedobacter. Géneros Weeksellay Bergeyella. Género Myroides. Grupos llc, lle, Ilg, Ilh, Ili sin nombre de los CDC. Familia Sphingobacteriaceae. Género Sphingobacterium. Familia Moraxellaceae. Género Moraxella. Género Psychrobacter Familia Neisseriaceae. Género Neisseria. Especies sin nombre. Bacilos de Gilardi del grupo 1. Familia Rhodobacteriaceae. Género Paracoccus y grupo de oxidantes eugónicos (EO) de los CDC. Género Haematobacter.

Microorganismos inmóviles y oxidasa negativos. Familia Moraxellaceae. Género Acinetobacter. Género Bordetella. Familia Alcaligenaceae. Especies sin nombre Grupo NO-1 de los CDC. Grupo E0-5 de los CDC.

Niveles de servicio en la identificación de no fermentadores.

Directrices para la obtención de no fermentadores Identificación de las especies más frecuentes. Pseudomonas aeruginosa. Acinetobacter baumannii. Stenotrophomonas maltophilia.

Métodos de identificación mediante pruebas bioquímicas convencionales. Esquema de los CDC: Weyant y colaboradores. Abordaje práctico para la identificación de no fermentadores: Schreckenberger. Esquemas computarizados Programa ASHEX Web ID.

Métodos de identificación mediante sistemas de kits comerciales. Sistema API 20E Sistema API 20NE. Sistema Crystal Enteric/Nonfermenter. Sistema RapID NF Plus. Sistema Biolog.

Métodos de identificación mediante sistemas automatizados. Sistema Vitek Legacy. Sistema Vitek 2. Sistemas Microscan Walkaway-96, Walkaway-40 y Autoscan-4. Sistema Sensititre AP80. Sistema Phoenix.

Métodos de identificación mediante sistemas moleculares. Espectrofotometría de masas de tiempo de vuelo por desorción/ionización láser asistida por matriz. Secuenciación del gen ARNr 16S. Resolución de secuenciación del ARNr 16S.

Elección de un sistema.

Capítulo 8: Bacilos gramnegativos curvos y fermentadores oxidasa positivos.

Reseña histórica. Clasificación de Campylobacter y taxones relacionados Género Campylobacter. Campylobacter jejuni subespecie jejuni. Otras especies de Campylobacter. Género Arcobacter. Arcobacter butzleri. Arcobacter cryaerophilus Arcobacter skirrowi. Género Helicobacter. Helicobacter pylori. Cultivo y aislamiento de H. pylori. Identificación de H. pylori. Otras especies de Helicobacter médicamente importantes. Otros bacilos gramnegativos microaerófilos. Sutterella wadsworthensis.

Identificación definitiva de campilobacterias y bacterias relacionadas. Identificación rápida de campilobacterias a partir de colonias cultivadas. Identificación morfológica. Espectrometría de masas de tiempo de vuelo de desorción/ionización láser asistida por matriz. Sistemas de kits comerciales. Métodos de detección directa de campilobacterias a partir de heces. Inmunofluorescencia directa. Enzimoinmunoanálisis. PCR.

Filogenia de Vibrionaceae. Género Vibrio. Taxonomía. Descripción y sindromes clínicos asociados de las especies de Vibrio de importancia para los humanos. Métodos de aislamiento de vibriones en el laboratorio. Caracterización bioquimica e identificación de laboratorio de las especies de Vibrio

Listonella, Photobacteriumy Shewanella Aeromonas y Plesiomonas. Género Aeromonas. Taxonomía. Importancia clínica. Especies de Aeromonas en sanguijuelas medicinales. Aislamiento en el laboratorio de especies de Aeromonas a partir de muestras clínicas. Identificación de laboratorio de especies de Aeromonas. Género Plesiomonas. Importancia clínica. Aislamiento e identificación de laboratorio

Género Chromobacterium.

Capítulo 9: Otros bacilos gramnegativos con requerimientos nutricionales especiales.

Introducción a la familia Pasteurellaceae.

Especies de Haemophilus. Taxonomía. Haemophilus influenzae. Haemophilus influenzae de tipo b. Vacunas e inmunidad. Otras especies de Haemophilus. Haemophilus ducreyi. Diagnóstico de infecciones por especies de Haemophilus en laboratorio. Estudio directo de muestras clínicas. Aislamiento de especies de Haemophilus en cultivo. Identificación de especies de Haemophilus. Haemophilus ducreyi diagnóstico de chancroide por laboratorio. Recolección y estudio directo de muestras. Cultivo. Sensibilidad de especies de Haemophilus a antimicrobianos.

Género Aggregatibacter. Taxonomía. Importancia clínica. Aggregatibacter aphrophilus. Aggregatibacter segnis. Aggregatibacter actinomycetemcomitans. Características e identificación de los cultivos de especies de Aggregatibacter. Sensibilidad de especies de Aggregatibacter a antimicrobianos.

Especies de Cardiobacterium. Taxonomía. Importancia clínica. Características de los cultivos e identificación. Sensibilidad a antimicrobianos.

Eikenella corrodens. Taxonomía. Importancia clínica. Características de los cultivos e identificación. Sensibilidad a antimicrobianos.

Especies de Kingella. Taxonomía. Importancia clínica. Características de los cultivos e identificación Sensibilidad a antimicrobianos.

Especies de Capnocytophaga. Taxonomía. Importancia clínica. Características de los cultivos e identificación. Sensibilidad a antimicrobianos.

Especies de Dysgonomonas. Taxonomía. Importancia clínica. Características de los cultivos e identificación. Sensibilidad a antimicrobianos

Streptobacillus moniliformis. Taxonomía. Epidemiología. Importancia clínica. Características de los cultivos e identificación. Sensibilidad a antimicrobianos.

Especies de Simonsiella.

Especies de Pasteurella y Mannheimia. Taxonomía y características del género Pasteurella. Reclasificación de otras especies de [Pasteurella]. Especies de Pasteurella: importancia clínica, identificación y sensibilidad a antimicrobianos. Pasteurella multocida.Pasteurella dagmatis, Pasteurella canis y Pasteurella stomatis. Especies de [Pasteurella] de ubicación incierta: importancia clínica, identificación y sensibilidad a antimicrobianos. [Pasteurella] aerogenes. [Pasteurella] pneumotropica. [Pasteurella] bettyae. [Pasteurella] caballi. Avibacterium ([Pasteurella]) gallinarum. Especies de Mannheimia (antes el complejo “Pasteurella haemolytica/Pasteurella granulomatis").

Género Actinobacillus. Taxonomía. Importancia clínica de Actinobacillus. Actinobacillus ureae. Actinobacillus hominis. Otras especies de Actinobacillus. Características de cultivo de Actinobacillus.

Especies de Brucella. Introducción Taxonomía y epidemiología. Virulencia de especies de Brucella Espectro clínico de brucelosis. Diagnóstico serológico de infecciones por especies de Brucella. Aislamiento y características de cultivo. Identificación de especies de Brucella. Tratamiento de brucelosis.

Especies de Francisella. Epidemiología de tularemia Reseña histórica y taxonomía. Espectro clínico de tularemia Detección, aislamiento y características de cultivo de F. tularensis. Tratamiento de tularemia. Virulencia de F. tularensis.

Afipia, Bosea y otras Proteobacteria.

Especies de Bartonella. Taxonomía. Epidemiología de especies de Bartonella. Infecciones humanas relacionadas con especies de Bartonella. Fiebre de la Oroya y verruga peruana. Fiebre de las trincheras "clásica" y "urbana". Angiomatosis bacilar. Peliosis. Fiebre y bacteriemia. Endocarditis. Enfermedad por arañazo del gato. Infecciones diversas. Microorganismos patógenos emergentes en el género Bartonella. Detección, aislamiento e identificación de especies de Bartonella. Tipos de muestra. Observación de muestras clínicas al microscopio. Cultivo. Tinción de Gram y morfología de las colonias. Métodos de identificación. Diagnóstico serológico. Sensibilidad in vitro a antimicrobianos.

Especies de Bordetella Antecedentes y taxonomía de Bordetella. Epidemiología de la tosferina. Importancia clínica de Bordetella pertussis. Vacunas contra tosferina Importancia clínica de otras especies de Bordetella. Bordetella parapertussis. Bordetella bronchiseptica. Bordetella avium. Bordetella hinzii. Bordetella holmesi. Bordetella trematum. Bordetella petrii. Bordetella ansorpii. Cultivo y aislamiento de Bordetella pertussis. Pruebas de anticuerpos fluorescentes directos. Características de cultivo e identificación de especies de Bordetella. Métodos moleculares para detección e identificación de especies de Bordetella. Pruebas serológicas para el diagnóstico de tosferina. Tratamiento de tosferina. Pruebas de sensibilidad de especies de Bordetella a antimicrobianos

Capítulo 10: Legionella.

Introducción. Taxonomía y características del género Legionella.

Espectro clínico y patológico de la legionelosis. Factores predisponentes. Patología y patogenia.

Aspectos epidemiológicos y ecológicos de la legionelosis. Incidencia. Legionelas en el ambiente. Hábitats naturales. Hábitats acuáticos creados por humanos (artificiales). Legionelosis en viajeros. Brotes intrahospitalarios de legionelosis

Diagnóstico de laboratorio. Selección, recolección y transporte de muestras clínicas. Estudio directo de muestras clínicas. Estudio macroscópico. Estudio microscópico PCR de Legionella y otros métodos moleculares. Pruebas de anticuerpos fluorescentes directos. Detección de antígenos de Legionella.

Detección de Legionella en muestras clínicas. Aislamiento de especies de Legionella en muestras clínicas. Muestras tisulares. Líquido pleural y aspirados transtraqueales. Procedimiento de descontaminación mediante lavado ácido Hemocultivos. Identificación de especies de Legionella. Sensibilidad a antibióticos y tratamiento. Estudios serológicos para Legionella.

Estudios de microbiología ambiental. Detección molecular de Legionella en muestras ambientales. Aislamiento o detección de Legionella. en muestras ambientales. Tipificación de cepas de Legionella.

Capítulo 11: Especies de neisseria y moraxella catarrhalis.

Introducción. Taxonomía de las familias Neisseriaceae y Moraxellaceae.

Características generales del género Neisseria.

Importancia clínica de las especies de Neisseria. Neisseria gonorrhoeae. Epidemiología. Infecciones causadas por N. gonorrhoeae. Neisseria meningitidis. Epidemiología meningococica: serogrupos, serotipos y subserotipos. Estado de portador de N. meningitidis. Infecciones causadas por N. meningitidis. Profilaxis meningococica y vacunas meningococicas. Otras especies de Neisseria.

Importancia clínica de Moraxella catarrhalis.

Aislamiento de especies de Neisseria. Neisseria gonorrhoeae. Frotis teñidos con Gram directo Recolección y transporte de muestras Medios de cultivo selectivos: inoculación e incubación. Neisseria meningitidis. Recolección y transporte de muestras. Epidemiología. Infecciones causadas por N. gonorrhoeae Neisseria meningitidis. Epidemiología meningocócica: serogrupos, serotipos y subserotipos. Estado de portador de N. meningitidis. Infecciones causadas por N. meningitidis. Profilaxis meningococica y vacunas meningocócicas Otras especies de Neisseria. Importancia clínica de Moraxella catarrhalis Aislamiento de especies de Neisseria. Neisseria gonorrhoeae. Frotis teñidos con Gram directo. Recolección y transporte de muestras Medios de cultivo selectivos: inoculación e incubación. Neisseria meningitidis. Recolección y transporte de muestras. Seguridad en el laboratorio. Frotis teñidos con Gram directo y pruebas directas para antígenos capsulares. Aislamiento e incubación.

Identificación de especies de Neisseria. Morfología de las colonias. Tinción de Gram y prueba de oxidasa. Prueba de superoxol. Diferenciación de otros microorganismos en medios de cultivo selectivos. Criterios presuntivos para la identificación de N. gonorrhoeae. Pruebas de identificación para especies de Neisseria. Pruebas de utilización de hidratos de carbono. Medio CTA convencional con hidratos de carbono.Prueba rápida de utilización de hidratos de carbono. Prueba CarboFerm para Neisseria. Otros métodos de utilización de hidratos de carbono. Pruebas cromógenas de enzima-sustrato. Gonochek II. BactiCard Neisseria. Métodos inmunológicos para la confirmación del cultivo de N. gonorrhoeae Pruebas de coaglutinación. Prueba GonoGen II. Sistemas de identificación multiprueba. Pruebas de sondas de ADN para la confirmación del cultivo de N. gonorrhoeae. Pruebas de hibridación de ácidos nucleicos para N. gonorrhoeae. Pruebas de amplificación de ácidos nucleicos para N. gonorrhoeae. Identificación de especies de Neisseria mediante MALDI-TOF. Abuso/agresión sexual y N. gonorrhoeae. Métodos de tipificación de N. gonorrhoeae. Métodos moleculares para la detección de N. meningitidis. Seroagrupamiento y tipificación de N. meningitidis.

Características de cultivo de otras especies de Neisseria. Neisseria lactamica. Neisseria cinérea. Biovariedades de Neisseria subflava, Neisseria mucosa y Neisseria sicca. Neisseria polysaccharea. Neisseria flavescens. Subespecies de Neisseria elongata. Neisseria weaveri. Neisseria bacilliformis. Neisseria animalorisy. Neisseria zoodegmatis. Neisseria wadsworthii. Neisseria shayegani.

Características de cultivo e identificación de M. catarrhalis.

Sensibilidad de las especies de Neisseria a los antibióticos. Neisseria gonorrhoeae. Neisseria meningitidis.

Sensibilidad de M. catarrhalis a los antibióticos.

Capítulo 12: Cocos grampositivos.

Parte I: Estafilococos y cocos grampositivos relacionados

Taxonomía de estafilococos y cocos grampositivos relacionados..

Importancia clínica de estafilococos y cocos grampositivos relacionados. Staphylococcus aureus subespecie aureus. Staphylococcus aureus subespecie anaerobius. Estafilococos coagulasa negativos. Staphylococcus epidermidis Staphylococcus saprophyticus subespecie saprophyticus. Otros estafilococos coagulasa negativos. Especies de Micrococcus y géneros relacionados. Rothia mucilaginosa.

Aislamiento y diferenciación preliminar de estafilococos y cocos grampositivos relacionados. Frotis directos teñidos con Gram. Aislamiento de muestras clínicas.Morfología de las colonias. Prueba de la catalasa. Métodos para diferenciar micrococos de estafilococos. Fermentación de glucosa. Sensibilidad a lisostafina. Producción de ácido a partir de glicerol en presencia de eritromicina. Sensibilidad a furazolidona. Prueba de oxidasa modificada. Sensibilidad a bacitracina. Método de crecimiento en cubreobjetos.

Métodos de detección directa de SARM en muestras clínicas. Medios cromógenos para supervisar la colonización de SARM. Métodos moleculares para supervisar la colonización de SARM. Métodos moleculares para la detección de SARM y SASM en hemocultivos e infecciones cutáneas y de tejidos blandos.

Identificación de Staphylococcus aureus. Prueba de la coagulasa en portaobjetos. Prueba de la coagulasa en tubo. Procedimientos alternativos a la prueba de la coagulasa. Prueba de aglutinación. Pruebas confirmatorias y de identificación adicionales de Staphylococcus aureus. Prueba de desoxirribonucleasa. Prueba de endonucleasa termoestable. Fermentación de manitol. AccuProbe para identificación de Staphylococcus aureus. Pruebas rápidas para la detección de resistencia a meticilina. Genotipo SARM.

Identificación de estafilococos coagulasa negativos.
Métodos convencionales de identificación. Actividad de pirrolidonil arilamidasa. Sensibilidad a polimixina B. Prueba de ornitina descarboxilasa. Producción de ureasa. Producción de acetoína. Sensibilidad a novobiocina para la identificación presuntiva de Staphylococcus saprophyticus Sistemas comerciales de identificación. Sistemas automatizados de identificación. Sistemas manuales de identificación. Kit de confirmación de cultivo PNA FISH de Staphylococcus aureus/estafilococos coagulas negativos (AdvanDx, Woburn, MA). Identificación molecular y métodos de tipificación para estafilococos. Espectrometría de masas de tiempo de vuelo por desorción/ionización láser asistida por matriz (MALDI-TOF MS). Identificación de Micrococcus y especies relacionadas. Identificación de Rothia mucilaginosa.

Abordaje de laboratorio para la identificación de estafilococos.

Capítulo 13: Cocos grampositivos.

Parte II: Estreptococos, enterococos y bacterias “similares a estreptococos”.

Características generales de los estreptococos.

Estreptococos ẞ-hemolíticos del grupo A (Streptococcus pyogenes). Factores de virulencia. Espectro clínico de enfermedades por estreptococos del grupo A.

Estreptococos ẞ-hemolíticos del grupo B (Streptococcus agalactiae). Factores de virulencial. Espectro clínico de enfermedades por estreptococos del grupo B. Prevención de enfermedades por estreptococos. Otras infecciones causadas por estreptococos B del grupo. Sensibilidad a antibióticos de estreptococos del grupo B.

Estreptococos ẞ-hemolíticos de los grupos C y G.

Estreptococos ẞ-hemolíticos del grupo F.

Patógenos emergentes entre los estreptococos. Streptococcus suis. Streptococcus porcinus y Streptococcus pseudoporcinus. Streptococcus iniae.

Streptococcus pneumoniae. Factores de virulencia. Vacunas antineumocócicas. Espectro clínico de S. pneumoniae Sensibilidad a antibióticos de S. pneumoniae.

Estreptococos viridans.

Grupo Anginosus: S. anginosus, S. constellatus y S. intermedius.

Estreptococos del grupo D: grupo "Streptococcus bovis".

Especies de Enterococcus. Taxonomía. Factores de virulencia. Espectro clínico de infecciones enterocócicas. Sensibilidad a antibióticos de enterococos. Géneros Melissococcus y Catellicoccus.

Bacterias "similares a Streptococcus". Especies de Abiotrophia y Granulicatella Especies de Aerococcus y Helcococcus. Especies de Leuconostoc. Especies de Pediococcus y Tetragenococcus. Especies de Gemella. Especies de Vagococcus. Especies de Alloiococcus. Especies de Globicatella. Especies de Facklamia. Especies de Dolosigranulum Ignavigranum, Dolosicoccusy Eremococcus. Especies de Lactococcus.

Aislamiento e identificación de estreptococos y bacterias "similares a Streptococcus". Frotis directos teñidos con Gram Medios de cultivo. Hemólisis en agar sangre. Técnicas de detección directa sin cultivo de estreptococos p-hemoliticos del grupo A en muestras faríngeas. Técnicas de detección directa sin cultivo de estreptococos ẞ-hemoliticos del grupo B. Técnicas de detección directa sin cultivo de Streptococcus pneumoniae. Técnicas de detección sin cultivo de enterococos en hemocultivos. Morfología de la colonia y prueba de la catalasa. Reconocimiento y caracterización preliminar de estreptococos y bacterias "similares a Streptococcus". Identificación presuntiva de estreptococos y enterococos Sensibilidad a bacitracina. Sensibilidad a trimetoprima-sulfametoxazol Prueba de CAMP y producción de pigmento. Hidrolisis de hipurato de sodio Prueba de bilis esculina. Prueba de tolerancia a la sal (caldo con NaCl al 6.5%). Prueba de leucina aminopeptidasa (LAP). Prueba de la pirrolidonil arilamidasa. Pruebas comerciales de identificación presuntiva. Identificación serológica de estreptococos B-hemoliticos. Prueba de precipitina capilar. Coaglutinación. Aglutinación de látex Caracteristicas fenotípicas para la identificación de estreptococos agrupables. Identificación de Streptococcus pneumoniae. sensibilidad a optoquina, prueba de solubilidad en bilis y prueba AccuProbe Pneumococcus. Identificación serológica de Streptococcus pneumoniae Identificación de estreptococos viridans. Grupo Mitis/Sanguinis. Grupo Mutans. Grupo Salivanus. Grupo Anginosus. Grupo Bovis. Identificación de Streptococcus suis y otros estreptococos aislados de animales. Detección de enterococos resistentes a vancomicina. Identificación de especies de Enterococcus. Identificación de especies de Abiotrophia y Granulicatella. Identificación de especies de Aerococcus y Helcococcus. Identificación de especies de Leuconostoc, Pediococcus y Tetragenococcus. Identificación de especies de Gemella. Identificación de especies de Vagococcus. Identificación de especies de Alloiococcus, Globicatella, Facklamia, Dolosigranulum, Ignavigranumy Dolosicoccus. Identificación de especies de Lactococcus

Sistemas comerciales de identificación de estreptococos, enterococos y bacterias "similares a Streptococcus". Vitek 2. Phoenix (Becton-Dickinson Diagnostic Systems, Sparks, MD).

Capítulo 14 : Bacilos Grampositivos Aerobios Y Facultativos

Especies de Listeria y Listeria monocytogenes. Taxonomía del género Listeria Virulencia de L. monocytogenes. Epidemiología de L. monocytogenes Importancia clínica de L. monocytogenes. Aislamiento de L. monocytogenes de muestras clínicas Identificación de especies de Listeria. Sensibilidad a antibióticos y tratamiento de infecciones por Listeria. Patogenia de otras especies de Listeria.

Especies de Erysipelothrix. Taxonomía del género Erysipelothrix. Importancia clínica de E. rhusiopathiae. Aislamiento e identificación de E. rhusiopathiae. Sensibilidad a antibióticos de E. rhusiopathiae.

Especies de Bacillus y géneros relacionados. Taxonomía y disección taxonómicadel género Bacillus. Bacillus anthracis. Epidemiología del carbunco. Factores de virulencia de B. anthracis Presentaciones clínicas del carbunco. Sensibilidad a antibióticos y tratamiento de infecciones por B. anthracis. Prevención del carbunco. Bacillus cereus. Factores de virulencia de B. cereus. Gastroenteritis por B. cereus. Infecciones oportunistas causadas por B. cereus, otras especies de Bacillus y Paenibacillus Bacteriemia y endocarditis por B. cereus. Infecciones por B. cereus en hospederos inmunodeprimidos Infecciones oculares por B. cereus. Infecciones en piel, huesos y tejidos blandos por B. cereus. Infecciones intrahospitalarias. Seguridad, recolección de muestras y procesamiento en el laboratorio. Aislamiento e identificación del grupo Bacillus cereus. Prueba de sensibilidad a antibióticos de especies de Bacillus.

Especies de Corynebacterium. Introducción y taxonomía. Identificación de especies de Corynebacterium y bacterias corineformes RapID CB-Plus. API Coryne. Tarjeta para identificación de anaerobios/Corynebacterium. Vitek 2. Espectrometria de masas MALDI-TOF. Prueba de sensibilidad a antibióticos de especies de Corynebacterium y bacterias corineformes. Miembros del género Corynebacterium aislados de humanos. Corynebacterium diphtheriae. Epidemiologia.Vacunas contra la difteria. Difteria, patogenia y presentación clínica. Tratamiento de la difteria. Aislamiento e identificación de C diphtheriae. Sensibilidad a antibióticos de C. diphtheriaa. Notificación de C. diphtheriae. Especies de Corynebacterium asociadas con animales y el medio ambiente.

Otras bacterias corineformes. Especies de Actinotignumy Actinobaculum. Especies de Actinomyces. Especies de Arcanobacteriumy Trueperella Arthrobacter y especies relacionadas. Especies de Brevibacterium. Especies de Cellulomonas, Cellulosimicrobium y Oerskovia. Especies de Dermabacter y Helcobacillus. Especies de Exiguobacterium. Especies de Leifsonia. Especies de Microbacterium. Especies de Turicella. Especies de Rothia.

Gardnerella vaginalis Taxonomía y morfología celular. Importancia clínica de Gardnerella vaginalis. Diagnóstico de vaginosis bacteriana y caracteristicas de cultivo de Gardnerella vaginalis. Sensibilidad a antibióticos de Gardnerella vaginalis.

Especies de Lactobacillus. Taxonomía y epidemiologia. Importancia clínica de especies de Lactobacillus. Aislamiento e identificación de especies de Lactobacillus. Prueba de sensibilidad a antibióticos de especies de Lactobacillus.

Especies de Weissella.

Capítulo 15: Actinomicetos Aerobios

Introducción, clasificación y taxonomía.

Grupo nocardioforme. Especies de Nocardia. Complejo de especies no N. asteroides. Epidemiologia, patología y patogenia. Enfermedad clínica. Especies de Rhodococcus. Taxonomía y clasificación. Epidemiologia, patología y patogenia. Enfermedad clínica.Especies de Gordonia. Taxonomía y clasificación. Epidemiología, enfermedad clínica y patogenia. Especies de Tsukamurella. Taxonomía y clasificación. Epidemiología y enfermedad clínica. Especies de Dietzia.

Otras bacterias nocardioformes.

Streptosporangineae. Especies de Actinomadura. Taxonomía y clasificación. Epidemiología, enfermedad clínica y patología. Especies de Nocardiopsis.

Estreptomicetos. Especies de Streptomyces.

Actinomicetos termófilos.

Otros actinomicetos. Dermatophilus. Tropheryma whipplei. Historia y taxonomía. Ecología. Enfermedad clínica y patología.

Diagnóstico de laboratorio de infecciones causadas por actinomicetos aerobios. Aislamiento primario. Diferenciación de Nocardia de otros géneros de actinomicetos aerobios. Identificación de actinomicetos termófilos. Identificación de Tropheryma whipplei. Sensibilidad in vitro de Nocardia y bacterias relacionadas con antibióticos y tratamiento de infecciones. Comentarios finales.

Capítulo 16: Bacterias Anaerobias.

Introducción a las bacterias anaerobias. Clasificación de bacterias según su respuesta al oxígeno. Motivos de la anaerobiosis. Hábitats de anaerobios.

Clasificación taxonómica y nomenclatura. Taxonomía de bacilos gramnegativos anaerobios. Taxonomía de bacilos grampositivos anaerobios no esporulados. Taxonomía de especies de Clostridium. Taxonomia de cocos anaerobios grampositivos y gramnegativos.

Infecciones humanas por anaerobios . Generalidades. Infecciones por bacilos anaerobios gramnegativos. Infecciones por bacilos anaerobios grampositivos no esporulados. Vaginosis bacteriano. Infecciones por especies de Clostridium. C perfringens y especies relacionadas de Clostridium involucradas en infecciones de piel y tejidos blandos. Enfermedades intestinales por C. perfringens. Infecciones que involucran varias especies de Clostridium. Infecciones por C botulinum y especies de Clostridium relacionadas. Infecciones por C tetani. Infecciones por cocos anaerobios grampositivos y gramnegativos.

Aislamiento de bacterias anaerobias. Selección de muestras para cultivo. Recolección y transporte de muestras. Hemocultivos anaerobios. Examen directo de muestras clínicas. Selección y utilización de medios.

Sistemas para cultivo de bacterias anaerobias Utilización de jarra de anaerobiosis. Utilización de cámara de anaerobiosis. Sistema de capa extendida por rodamiento. Utilización de bolsas plásticas de anaerobiosis. Utilización de jarra contenedora de anaerobiosis. Anoxomat.

Incubación de cultivos anaerobios.

Procedimientos para la manipulación de cultivos anaerobios. Inspección y subcultivo de colonias. Pruebas de aerotolerancia. Informe preliminar de resultados.

Identificación de aislamientos anaerobios. Determinación de características bioquímicas y de cultivo. Identificación presuntiva. Usos de medios diferenciales en agar y pruebas rápida. Pruebas con discos de antibióticos de potencia especial. Empleo de pruebas con discos de PSS y de nitrato. Identificación de anaerobios utilizando características fenotípicas. Abordajes convencionales. Microsistemas comerciales para identificación de anaerobios. Determinación de productos metabólicos mediante cromatografía gas-liquido. Utilización de métodos moleculares y de espectrometría de masas (MALDI-TOF) para identificación de bacterias anaerobias.

Identificación de grupos específicos de bacterias anaerobias. Niveles de identificación en diferentes laboratorios. Identificación de bacilos anaerobios gramnegativos. Grupo B. fragilis. Bacilos pigmentados anaerobios gramnegativos. Especies no pigmentadas de Prevotella. Bacteroides urealyticus. Especies de Bilophila. Especies de Fusobacterium. Identificación de bacilos anaerobios grampositivos no esporulados. Especies de Actinomyces. Especies de Propionibacterium y géneros relacionados. Especies de Eubactenumy Eggerthella y géneros relacionados. Especies de Bifidobacterium y géneros relacionados.Especies de Lactobacillus. Especies de Mobiluncus. Otros bacilos anaerobios grampositivos no esporulados. Identificación de especies de Clostridium. Generalidades. Clostridium perfringen.s Identificación de otras especies de Clostridium. C. difficile. Enfermedades intestinales relacionadas: epidemiologia e identificación de laboratorio. Descripción de la enfermedad y epidemiología. Recolección y transporte de muestras que contienen C. difficile. Diagnóstico de laboratorio de C. difficile toxigeno. Identificación de cocos anaerobios. Cocos anaerobios grampositivos. Cocos anaerobios gramnegativos.

Tratamiento de enfermedades por bacterias anaerobias. Comentarios sobre sensibilidad habitual a antibióticos/protocolos de tratamiento para anaerobios. Métodos para pruebas de sensibilidad a antibióticos en anaerobios Resultados de sensibilidad a antibióticos para grupos de anaerobios. Sensibilidad de bacilos gramnegativos. Sensibilidad de bacilos anaerobios grampositivos no esporulados. Sensibilidad de especies de Clostridium incluyendo C. difficile. Sensibilidad de cocos anaerobios. Comentarios sobre pruebas de sensibilidad de anaerobios. Resumen.

Capítulo 17: Pruebas de sensibilidad a antibióticos.

Evolución y propagación de la resistencia a antibióticos.

Mecanismos de acción de las principales clases de antibióticos.

Bases genéticas de resistencia a las principales clases de antibióticos.

Mecanismos de resistencia bacteriana a antibióticos. Prevención de acceso al sitio diana. Porinas. Bombas de expulsión. Inactivación del antibiótico por destrucción o modificación. B-lactamasas. Enzimas modificadoras de aminoglucosidos. Otras enzimas. Modificación del sitio diana. Proteínas de unión a penicilina ADN girasa. Otros sitios diana. Desviación como mecanismo de resistencia.

Mecanismos de resistencia a múltiples antibióticos.

Orientación de laboratorio para pruebas de sensibilidad a antibióticos.

Métodos de prueba de sensibilidad a antibióticos. Estandarización de métodos de pruebas de sensibilidad a antibióticos. Medio de crecimiento. Medio especial y aditivos. Ph. Suero. Concentración de cationes. Condiciones ambientales. Inóculo. Antibióticos. Selección de antibióticos. Cepas de referencia. Control de calidad. Aseguramiento de calidad y pruebas de competencias.

Procedimientos de prueba de sensibilidad a antibióticos. Métodos de sensibilidad por difusión. Prueba de sensibilidad por difusión con discos. Prueba de sensibilidad por difusión en gradiente. Prueba de sensibilidad por dilución. Prueba de sensibilidad por dilución en agar. Prueba de sensibilidad por macrodilución en caldo. Prueba de sensibilidad por microdilución en caldo. Sistemas automatizados. Vitek 2. MicroScan Walkaway SI. BD Phoenix. Selección de la prueba.

Detección de tipos específicos de resistencia a antibióticos. Pruebas de ß-lactamasas.

Detección de resistencia en bacterias grampositivas. Estafilococos. Estafilococos resistentes a meticilina (oxacilina). Sensibilidad disminuida a vancomicina en estafilococos. Resistencia inducible a clindamicina.

Enterococos. Resistencia a p-lactámicos. Resistencia de alto nivel a aminoglucósidos. Sensibilidad disminuida a vancomicina. Informe. Detección molecular de genes de resistencia a vancomicina. Resistencia enterocócica a antibióticos más recientes.

Estreptococos. Streptococcus pneumoniae. Sensibilidad disminuida a penicilina Sensibilidad disminuida a macrólidos y lincosamidas. Otros estreptococos del grupo viridans. Estreptococos ẞ-hemolíticos. Informe.

Bacterias grampositivas con requerimientos nutricionales especiales.

Detección de resistencia en bacterias gramnegativas. Haemophilus influenzae y Haemophilus parainfluenzae. Informe. Bacterias gramnegativas con requerimientos nutricionales especiales. Moraxella. Neisseria. Enterobacterias. B-lactamasas. B-lactamasas de espectro extendido. Detección de ß-lactamasas AmpC. Detección de carbapenemasas (enterobacterias). Detección de resistencia a fluoroquinolonas en especies de Salmonella.

Gramnegativos no fermentadores. P. aeruginosa (otras seudomonas). Detección de Paeruginosa productora de MBL. Acinetobacter baumannii. Pruebas de sensibilidad de aislamientos de fibrosis quística.

Agentes bacterianos de bioterrorismo.

Informe de sensibilidad a antibióticos. Formato de informes de sensibilidad a antibióticos. Informe de antibióticos clínicamente relevantes. Informe selectivo de antibióticos.

Informe de antibiograma acumulativo. Control de antibióticos.

Perspectivas futuras.

Capítulo 18: Micoplasmas y ureaplasmas.

Introducción. Taxonomía de micoplasmas y ureaplasmas.

Factores de virulencia de micoplasmas humanos.

Importancia clínica de micoplasmas humanos. Mycoplasma pneumoniae. Mycoplasma hominis y ureaplasma urealyticum. Mycoplasma genitalium. Mycoplasma fermentans. Mycoplasma penetrans. Mycoplasma pirum. Mycoplasma primatum. Mycoplasma salivarium. Mycoplasma spermatophilum. Infecciones humanas causadas por micoplasmas de origen animal. Especies de Mycoplasma hemótrofas.

Cultivo de micoplasmas humanos a partir de muestras clínicas. Consideraciones generales. Recolección de muestras. Medios de transporte. Medios de cultivo para micoplasmas. Aislamiento e identificación de Mycoplasma pneumoniae. Detección de Mycoplasma pneumoniae por métodos distintos al cultivo. Aislamiento e identificación de micoplasmas genitales. Detección de micoplasmas genitales por métodos distintos al cultivo. Sistemas comerciales de cultivo de micoplasmas. Aislamiento de micoplasmas en medios habituales. Pruebas serológicas para el diagnóstico de cultivo de infecciones por Mycoplasma pneumoniae.

Pruebas serológicas para micoplasmas genitales.

Sensibilidad antimicrobiana y tratamiento de infecciones por Mycoplasma. Tratamiento para M. pneumoniae y micoplasmas genitales. Métodos para pruebas de sensibilidad de micoplasmas.

Diagnóstico y tratamiento de infecciones animales por especies de Mycoplasma hemótrofas.

Vacunas y prevención de infecciones por Mycoplasma.

Capítulo 19: Micobacterias.

Tendencias en tuberculosis clínica. Incidencia mundial de tuberculosis. Personas en riesgo de infección por Mycobacterium tuberculosis y tuberculosis activa. Enfermedad rápidamente progresiva. Control de infecciones y medidas epidemiológicas.

Laboratorio clínico. Optimización de detección e identificación de micobacterias. Seguridad en el laboratorio.

Recolección de muestras. Muestras respiratorias. Hemocultivos. Otras muestras.

Abordaje de laboratorio para aislamiento e identificación de micobacterias. Preparación de muestras. Digestión y descontaminación. Centrifugación. Muestras de médula ósea, tejidos y líquidos corporales. Tinción de bacilos ácido alcohol resistentes.

Cultivo de muestras de micobacterias con medios sólidos. Medios basados en huevo. Medios basados en agar. Medios selectivos. Temperatura de incubación.

Métodos rápidos para establecer un diagnóstico. Frotis para bacilos ácido alcohol resistentes. Sistemas de cultivo en caldo. Sistemas indicadores de crecimiento de micobacterias en tubo. Sistema de detección de micobacterias MB/BacT ALERT VersaTREK (antes sistema de cultivo ESP II) BACTEC MYCO/FLYTIC. Cromatografía gas-líquido y cromatografía líquida de alta resolución. Amplificación de ácidos nucleicos.

Identificación de micobacterias con métodos convencionales. Temperatura óptima para aislamiento y velocidad de crecimiento. Producción de pigmentos. Acumulación de niacina. Reducción de nitratos a nitritos. Hidrólisis con Tween 80. Actividad de la catalasa. Actividad de la arilsulfatasa. Actividad de la ureasa. Pirazinamidasa. Captación de hierro. Inhibición del crecimiento por hidracida de ácido tiofeno-2-carboxílico. Crecimiento en cloruro de sodio al 5%. Crecimiento en agar de MacConkey.

Clasificación de micobacterias. Identificación de laboratorio de micobacterias y síndromes clínicos relacionados. Revisión de las especies de Mycobacterium: características de laboratorio y correlaciones clínicas. Complejo Mycobacterium tuberculosis. Fotocromógenos. Escotocromógenos. No fotocromógenos. Micobacterias de crecimiento rápido. Otras micobacterias.

Detección e identificación de micobacterias con métodos moleculares. Métodos de amplificación de señales. Sondas de ácidos nucleicos. Métodos de amplificación de ácidos nucleicos. Aplicaciones comercialmente disponibles Técnicas de PCR desarrolladas en el laboratorio, incluida la PCR en tiempo real Análisis postamplificación. Hibridación inversa/pruebas de sondas en línea. Secuenciación de ADN. Análisis de microarreglos. Tipificación de cepas y huellas genéticas de ADN.

Pruebas de sensibilidad. Complejo Mycobacterium tuberculosis. Micobacterias no tuberculosas.

Capítulo 20: Infecciones por espiroquetas.

Espiroquetas. Taxonomía. Treponema.

Sifilis. Treponema pallidum. Epidemiologia. Prevalencia de sifilis, grupos de riesgo y coinfección por VIH. Prevención y control. Enfermedad clínica y tratamiento. Respuesta de anticuerpos, perfil serológico e inmunidad.

Treponematosis endémica. Treponema pertenue. Treponema endemicum Treponema carateum. Diagnóstico de laboratorio para trepanomatosis. Cultivo Microscopia. Serología. Sifilis congénita.

Borrelia. Taxonomía.

Enfermedad de Lyme. Borrelia burgdorferi sensu lato. Ciclo de vida. Patogenia. Epidemiologia. Prevención. Enfermedad clínica. Tratamiento. Respuesta de anticuerpos, perfil serológico e inmunidad Diagnóstico de laboratorio.

Fiebre recurrente. Epidemiología. Enfermedad clínica. Diagnóstico de laboratorio. Detección y aislamiento. Serología. Métodos moleculares.

Leptospira. Leptospirosis. Epidemiologia. Enfermedad clínica. Diagnóstico de laboratorio.

Fiebre por mordedura de rata (sodoku). Spirillum minus

Capítulo 21: Micología.

Introducción. Pacientes en riesgo de infecciones micóticas.
Signos y síntomas generales que sugieren infección micótica.

Clasificación clínica de las infecciones micóticas. Términos micológicas frecuentes.

Abordaje de laboratorio para el diagnóstico de las infecciones micóticas. Recolección y transporte de muestras de laboratorio. Procesamiento de muestras. Observación directa. Preparación de montajes de aislamientos cultivados. Selección e inoculación de medios de cultivo. Incubación de cultivos micóticos.

Abordaje de laboratorio para la identificación presuntiva de aislamientos micóticos. Grado de identificación a nivel de género y especie en el laboratorio.

Cigomicetos (glomeromicetos) y cigomicosis Principales géneros de cigomicetos. Histopatologia de las infecciones causadas por cigomicetos.

Hongos filamentosos hialinos y hialohifomicosis. Especies de Aspergillus y aspergilosis. Presentación de laboratorio. Morfología de las colonias. Características microscópicas Histopatologia. Diagnóstico por técnicas distintas al cultivo. Otros hongos filamentosos hialinos septados. Características de la colonia. Géneros de hongos filamentosos hialinos productores de conidios en cadenas. Especies de Penicillium. Especies de Paecilomyces y de Purpureocillium. Especies de Scopulariopsis. Identificación de hongos hialinos productores de conidios en racimos. Especies de Acremonium. Especies de Fusarium. Especies de Gliocladium. Especies de Trichoderma. Identificación de los géneros de hialohifomicetos productores de conidios individuales. Complejo Pseudallescheria boydii. Especies de Chrysosporium. Especies de Sepedonium. Especies de Beauveria.

Identificación de dermatofitos. Identificación de especies de Microsporum. Microsporum canis. Microsporum gypseum. Microsporum nanum. Identificación de especies de Trichophyton. Trichophyton mentagrophytes. Trichophyton rubrum. Trichophyton tonsurans. Trichophyton verrucosum. Epidermophyton floccosum. Diagnóstico por técnicas distintas al cultivo.

Hongos dimorfos. Blastomyces dermatitidis y blastomicosis. Presentación de laboratorio. Diagnóstico mediante técnicas distintas al cultivo Coccidioides immitis, Coccidioides posadasi y coccidioidomicosis. Presentación de laboratorio. Histoplasma capsulatum e histoplasmosis. Presentación de laboratorio. Diagnóstico mediante técnicas distintas al cultivo. Complejo Sporothrix schenckiiy esporotricosis. Presentación de laboratorio. Diagnóstico mediante técnicas distintas al cultivo. Paracoccidioides brasiliensis y paracoccidioidomicosis. Presentación de laboratorio. Diagnóstico mediante técnicas distintas al cultivo.

Hongos dematiáceos. Agentes de la feohifomicosis. Presentación de laboratorio Macroconidios con septos transversales y longitudinales (muriformes). Especies de Altemaria. Especies de Ulocladium. Especies de Stemphylum. Especies de Epleoccum. Macroconidios con septos transversales. Especies de Bipolaris. Especies de Drashsiera. Especies de Curvulana. Especies de Exseroilum. Otros hongos dematiáceos de crecimiento moderado a rápido. Especies de Nigrospora. Especies de Phoma. Especies de Chaetomium. Hongos dematiáceos de crecimiento lento. Especies de Cladophialophora/Cladosporium. Cladophialophora bantiana (antes Xylohypha o Phalophora bantianum). Pleurostomophora (Phialophora) richardsiae. Scedosporum prolificans. Especies de Exophiala.

Identificación de levaduras en el laboratorio. Especies de Cándida y candidosis. Tubo germinal. Preparación de agar harina de maíz. Patrones de crecimiento de levaduras en agar harina de maíz. CHROMagar. Candida albicans. Candida glabrata. Candida tropicalis. Candida parapsilosis. Candida kefyr. Especies que no producen hifas verdaderas. Cryptococcus neoformans y criptococosis. Especies de Rhodotorula. Especies de Saccharomyces. Wickarhamomyces anomalus (antes Hansenula anómala). Especies de Malassezia. Especies que producen hifas verdaderas. Identificación en laboratorio de hongos de componentes dematiáceos y hialinos. Aureobasidium pullulans y Hormonema dematioides levaduras negras" Identificación de " en el laboratorio Hortaea (Phaeoannellomyces) werneckii.

Sistemas comercialmente disponibles para la identificación de levaduras. Pruebas de sensibilidad antimicótica.

Hongos de aparición infrecuente. Pneumocystis jirovecii. Microsporidia.

Diagnóstico serológico de enfermedades micóticas.

Capítulo 22: Parasitología

Introducción. Riesgo y prevención de infecciones parasitarias.

Manifestaciones clínicas de enfermedad parasitaria.

Recolección, transporte y procesamiento de muestras. Muestras de heces. Preservación de las muestras clínicas de heces. Exploración visual. Procesamiento de muestras de heces frescas para observación de huevos y parásitos. Examen de muestras intestinales distintas a heces. Examen de muestras extraintestinales. Esputo y otras muestras de vías respiratorias. Orina y líquidos corporales. Aspirados y biopsias de tejido. Raspados o biopsias corneales. Biopsia muscular. Sangre.

Identificación y diferenciación de parásitos. Ciclos de vida de parásitos humanos. Ciclos de vida de nematodos, directos frente a indirectos.

Protozoos intestinales. Amebas intestinales. Amebosis y Entamoeba histolytica. Entamoeba histolytica frente a Entamoeba coli. Diagnóstico serológico de amebosis. Protozoos intestinales. Amebas intestinales. Amebosis y Entamoeba histolytica. Entamoeba histolytica frente a Entamoeba coli. Diagnóstico serológico de amebosis. Entamoeba histolytica no patógena: Entamoeba dispar. Otras amebas intestinales. Otros protozoos: Blastocystis hominis. Flagelados intestinales 2 Giardia intestinalis (antes Giardia duodenalis) Otros flagelados intestinales Ciliados: Balantidium coli Coccidios. Especies de Cryptosporidium. Cyclospora cayetanensis. Cystoisospora belli. Especies de Sarcocystis.

Nematodos. Ascariosis y Ascaris lumbricoides. Identificación de laboratorio. Tricurosis y Trichuris trichiura (tricocéfalos). Identificación de laboratorio. Enterobius vermicularis. Identificación de laboratorio. Anquilostomas o uncinarias. Diagnóstico de laboratorio. Estrongiloidosis y Strongyloides stercoralis. Identificación de laboratorio. Especies de Trichostrongylus. Capillaria philippinensis Identificación de laboratorio.

Cestodos. Taenia soliumy. Taenia saginata. Identificación de laboratorio. Diphyllobothrium latum: la tenia gigante de los peces. Identificación de laboratorio. Especies de Hymenolepis. Identificación de laboratorio. Dipylidium caninum. Identificación de laboratorio.

Trematodos. Esquistosomas. Identificación de laboratorio. Fasciola hepatica y Fasciolopsis buski. Identificación de laboratorio. Clonorchis sinensis. Identificación de laboratorio. Especies de Paragonimus con mayor frecuencia. P. westermani. Identificación de laboratorio.

Parásitos de tejidos y sangre. Paludismo. Identificación de laboratorio. Babesiosis. Identificación de laboratorio. Hemoflagelados: especies de Leishmania y Trypanosoma. Leishmaniosis y especies de Leishmania. Tripanosomosis y especies de Trypanosoma. Toxoplasmosis y Toxoplasma gondii Tricomonosis y Trichomonas vaginalis.

Diagnóstico serológico y molecular de infecciones parasitarias. Helmintos de sangre y tejidos. Nematodos filarioides y filariosis. Identificación de laboratorio. Oncocercosis y Onchocerca volvulus. Dracunculosis y Dracunculus medinensis. Dirofilariosis y especies de Dirofilaria. Nematodos tisulares no filarioides. Triquinosis y Trichinella spiralis. Larva migratoria (migrans) visceral y especies de Toxocara Larva migratoria cutánea: infecciones por anquilostomas animales. Anisaquiosis y Anisakis y especies relacionadas. Natostomosis y Gnathostoma spinigerum. Paraestrongilosis (angioestrongilosis) y especies de Parastrongylus. Equinococosis (hidatidosis) y especies de Echinococcus. Cenurosis y Taenia multiceps y Taenia serialis Esparganosis y Spirometra y especies de Sparganum.

Medicamentos utilizados en el tratamiento de enfermedades parasitarias.

Capítulo 23: Diagnóstico De Infecciones Causadas Por Virus, Chlamydia/Chlamydophila, Rickettsia Y Microorganismos Relacionados

Introducción. Reseña histórica. Evolución de las técnicas de cultivo celular. Evolución de los servicios de diagnóstico de virología. Niveles de servicio

Taxonomía y nomenclatura.

Manifestaciones clínicas de las infecciones víricas. Ortomixovirus. Paramixovirus. Virus de la parainfluenza. Virus de la parotiditis. Virus del sarampión. Virus sincitial respiratorio. Otros paramixovirus. Picornavirus. Rabdovirus. Arenavirus. Filovirus. Togavirus y flavivirus. Bunyavirus. Virus de la encefalitis de California Hantavirus. Virus de la gastroenteritis humana. Rotavirus. Calicivirus. Astrovirus Adenovirus entéricos Coronavirus Coltivirus. Coronavirus Coltivirus. Retrovirus. Herpesvirus. Virus del herpes simple. Citomegalovirus. Virus de Epstein-Barr. Virus varicela zóster. Herpesvirus humanos. Herpesvirus humano 8. Virus B. Adenovirus. Poxvirus. Papilomavirus. Poliomavirus. Parvovirus. Virus de la hepatitis. Virus de la hepatitis A. Virus de la hepatitis B. Virus de la hepatitis C 6 y 7.Virus de la hepatitis D. Virus de la hepatitis E. Enfermedades por priones (encefalopatias espongiformes transmisibles).

Clasificación clínica de las infecciones víricas.

Diagnóstico de infecciones víricas. Obtención de muestras para diagnóstico. Transporte y almacenamiento de muestras. Aislamiento de virus en cultivo. Preparación y mantenimiento de cultivos celulares. Contaminación de cultivos celulares. Aspectos técnicos del cultivo celular. Selección de cultivos celulares para aislamiento de virus. Inoculación e incubación de cultivos celulares. Detección de virus e identificación presuntiva. Efecto citopático. Microscopia óptica. Microscopia electrónica. Diferenciación bioquímica. Asociación celular. Detección de antígenos víricos. Artificios y cambios inducidos por microorganismos distintos a los virus. Identificación definitiva de aislamientos. Almacenamiento de aislamientos víricos. Resumen de detección basada en el cultivo e identificación de virus.

Detección directa de virus en muestras clínicas. Detección de inclusiones por microscopia óptica. Detección de partículas víricas por microscopia electrónica. Detección inmunológica de antígenos víricos. Virus respiratorios. Virus del grupo herpes. Rotavirus. Virus de la inmunodeficiencia humana. Técnicas moleculares. Virus de la inmunodeficiencia humana. Virus de la hepatitis C. Técnicas moleculares. Virus de la inmunodeficiencia humana. Virus de la hepatitis C. Virus de la hepatitis B. Papilomavirus humano. Parvovirus B19. Virus de la influenza, VSR y otros virus respiratorios. Virus del herpes simple. Citomegalovirus. Enterovirus. Coronavirus SRAG y SROM. Otras infecciones víricas. Selección de pruebas de diagnóstico rápido.

Diagnóstico serológico de infecciones víricas. Virus de la inmunodeficiencia humana. Virus de la hepatitis B y virus de Epstein-Barr. Virus de la hepatitis A. Virus de la hepatitis C. Parvovirus. Virus del herpes simple. Virus varicela zóster. Citomegalovirus. Virus del Nilo occidental y virus Chikungunya. Rubéola. Coronavirus SRAG y SROM. Diversos procedimientos serológicos. Diagnóstico de otras infecciones víricas. Pruebas de sensibilidad antivírica.

Infecciones por especies de Chlamydia y Chlamydophila. Chlamydia trachomatis. Epidemiología y características clínicas. Obtención de muestras. Aislamiento de Chlamydia trachomatis en cultivos celulares. Detección directa de Chlamydia trachomatis en muestras clínicas. Diagnóstico serológico. Otros métodos de diagnóstico. Diagnóstico de abuso sexual. Chlamydophila psittaci Chlamydophila pneumoniae.

Infecciones por Rickettsia, Coxiella, Ehrlichia y Anaplasma. Rickettsia y Coxiella. Epidemiología y características clínicas. Obtención de muestras. Aislamiento de Rickettsia y Coxiella en cultivo. Detección directa de antígenos y ácidos nucleicos en muestras clínicas. Diagnóstico serológico. Especies de Ehrlichia y Anaplasma. Erliquiosis monocítica humana. Anaplasmosis granulocítica humana. Otras infecciones por Ehrlichia.

Apéndice:
ectoparásitos y otros invertebrados en el laboratorio clínico: una guía breve. Amebas de vida libre

Desde su primera edición, hace ya casi 40 años, Koneman. Diagnostico microbiológico. Texto y atlas se ha convertido en la obra de referencia indiscutible para el diagnostico etiológico de las enfermedades infecciosas. Su contenido hace un abordaje completo de los fundamentos y de los procedimientos de laboratorio para la identificación microbiológica aplicada a la bacteriología, micología y parasitología, incluyendo los métodos tradicionales de aislamiento y los mas novedosos basados en reacciones inmunológicas y moleculares. Estudiantes, catedráticos investigadores y profesionales del diagnostico microbiológico y de las ciencias de la salud interesados en la identificación y el estudio de las enfermedades infecciosas se beneficiaran con el contenido completo y de fácil comprensión de esta obra, asi como por la gran cantidad de ilustraciones.

Título original : Koneman's color atlas and textbook of diagnostic microiology