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El objetivo de este artículo es explorar la genética, la genómica y los hallazgos en filogénesis del género Bordetella y difundir el conocimiento actual en relación con el papel nosológico para la salud humana de los nuevos patógenos. Los modelos teóricos actuales y la evidencia científica en relación con la evolución de las distintas bacterias del género, han abierto nuevas posibilidades de comprensión para descifrar los paradigmas en especiación bacteriana, así como los factores genéticos y genómicos involucrados en tal proceso.